ایجاد شکاف، اختلاف رنگ، اختلاف سطح و همچنین مواد و مصالح به‌ کار برده شده در مرمت دو ترک از گنبد مسجد شیخ لطف‌الله، از مهم‌ترین مواردی است که نگرانی‌هایی را در بین کارشناسان و دوستداران میراث فرهنگی اصفهان ایجاد کرده است؛ نگرانی‌هایی که تأیید مرمت گنبد توسط نمایندگان وزارت میراث فرهنگی هم نتوانسته از آن بکاهد و همچنان تعدادی از کارشناسان و مرمت‌گران اصفهان به نوع مرمت گنید این مسجد قدیمی انتقاد دارند.