ایدۀ اولیۀ تشکیل مجتمع تحقیقاتی شهدای جهاد دانشگاهی با هدف تامین فضای پژوهشی متمرکز و استاندارد برای فعالیت‌های تحقیقاتی، آزمایشگاهی و کارگاهیِ این نهاد و استفاده بهینه محققان از همه امکانات و تجهیزات و همچنین کاهش هزینه‌های تحقیقاتی بواسطه همجواری گروه‌های تحقیقاتی در سال ۱۳۶۵ مطرح شد. این مجتمع تحقیقاتی در سال ۱۳۷۰ در فضایی به وسعت حدود ۹۰ هکتار در منطقه هلجرد کرج شروع به فعالیت کرد و همزمان با آماده‌سازیِ آن، فعالیت‌های تخصصی پژوهشکده‌ها و واحدهای مختلف جهاد دانشگاهی، به‌تدریج در آن مستقر شدند. هم‌اکنون سه پژوهشکده و ۱۰ مرکز خدمات تخصصی در مجتمع تحقیقاتی شهدای جهاد دانشگاهی فعالیت می‌کنند.