جلسه هیات دولت صبح چهارشنبه (۲۵ دی) به ریاست رئیس‌جمهور برگزار شد. حسن روحانی در صحبت‌های خود در این جلسه به اصابت غیرعمد موشک پدافندی سپاه به هواپیمای اوکراینی اشاره کرد و گفت: این‌که یک هواپیمایی حامل مردم عزیز از ملیت‌های مختلف مخصوصاً ایرانیان عزیز ما به اشتباه هدف یک موشک قرار بگیرد، برای ما غیرمنتظره بود و فکر نمی‌کردیم چنین اشتباهی رخ دهد. البته آنهایی که اشتباه کردند، همان‌ کسانی هستند که برای امنیت کشور تلاش می‌کنند و در فضای امنیت کشور بودند.