به گزارش ایسنا، بسته آموزشی غیرحضوری «شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با نرم‌افزار NAMD و VMD»، از امروز چهارشنبه ۲۹ مردادماه شامل دو دوره مقدماتی و پیشرفته در اختیار کاربران قرار می‌گیرد ضمن آنکه امکان ثبت‌نام به صورت مجزا در هر دوره وجود دارد.

آزمون پایان دوره، ۱۶ تا ۲۳ شهریورماه برگزار خواهد شد و شرکت‌کنندگانی که موفق به کسب نمره بالای ۵۰ درصد شوند، گواهی پایان دوره را دریافت می‌کنند.

شبیه‌سازی دینامیک مولکولی در مقیاس نانو (NAMD) یک نرم‌افزار کامپیوتری برای شبیه‌سازی دینامیک مولکولی است که با استفاده از مدل برنامه‌نویسی موازی ++Charm نوشته شده است؛ با توجه به بازده موازی و کارایی بالای این نرم‌افزار، اغلب از آن برای شبیه‌سازی سیستم‌های بزرگ (شامل میلیون‌ها اتم) و سیستم‌های بیومولکولی استفاده می‌شود. این نرم‌افزار در سال ۱۹۹۵ توسط نلسون و همکارانش به‌عنوان برنامه دینامیک مولکولی موازی ارائه شد که در کنار برنامه گرافیکی VMD قادر به شبیه‌سازی بود.

بر اساس اعلام ستاد نانو، VMD برای مدل‌سازی، تجسم و تجزیه و تحلیل سیستم‌های زیستی نظیر پروتئین‌ها، نوکلئیک اسیدها و لایه‌های لیپیدی طراحی شده است؛ از آنجایی که این نرم‌افزار می‌تواند فایل‌های بانک داده پروتئین استاندارد (PDB) را بخواند و ساختار دربرگیرنده آن‌ها را نمایش دهد، می‌توان از آن برای مولکول‌های متداول‌تر نیز استفاده کرد. VMD از روش‌های مختلفی برای نمایش و رنگ‌آمیزی مولکول‌ها استفاده می‌کند و می‌تواند برای متحرک‌سازی و آنالیز شبیه‌سازی دینامیک مولکولی نیز استفاده شود. به‌صورت خاص این نرم‌افزار به‌عنوان نمای گرافیکی یک برنامه شبیه‌سازی دینامیک مولکولی استفاده می‌شود و قادر است تحرک مولکول را تحت شرایط شبیه‌سازی به‌صورت متحرک به نمایش درآورد.

انتهای پیام